წმინდა იოანე ღვთისმეტყველის სახელობის ბათუმის სასეულიერო სემინარიის მისია განსაზღვრულია სემინარიის წესდებითა და დებულებით, კერძოდ:
1) მღვდელმსახურთა და ეკლესიის სხვა მსახურთა მომზადება საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიისათვის, ქრისტიანული განათლების ხელშეწყობა (მათ შორის მთარგმნელობითი და საგამომცემლო საქმიანობით);
2) სასულიერო სემინარია როგორც კონფესიური საგანმანათლებლო დაწესებულება, ემსახურება ქრისტიანული მოძღვრების სწავლებასა და გავრცელებას, ქრისტიანული ღირებულებებისა და მოძღვრების საფუძველზე ახალგაზრდების ზნეობრივ და ინტელექტუალურ აღზრდას, სტუდენტებში ქრისტიანული ტრადიციების, ტოლერანტული მსოფლმხედველობის, განსხვავებული შეხედულებების ჩამოყალიბებასა და პატივისცემას; ადამიანთა შორის რელიგიური შემწყნარებლობის დამკვიდრების ხელშეწყობას; ქრისტიანული ცხოვრების წესის გამტკიცებას. ეროვნული და მსოფლიო ისტორიული და კულტურული მემკვიდრეობის გაცნობასა და პატივისცემას, მსოფლიოში ქრისტიანული კულტურის ადგილისა და მნიშვნელობის გაცნობიერებას.